python练习题4 将mRNA翻译成蛋白质
来源:互联网 发布:linux shadow密码破解 编辑:程序博客网 时间:2024/05/16 19:05
题目地址:http://rosalind.info/problems/prot/
首先,需要先识别mRNA中的翻译起始位点,即AUG,然后从该位置,根据标准遗传密码表,将整个mRNA序列翻译成蛋白质,如果中途遇到终止密码子,则显示Stop.
当然,biopython也提供了翻译蛋白质的模块,可以很方便的将mRNA或者DNA翻译成蛋白质。
这是不用biopython的代码:
#*_coding: utf-8_*import redef mRNA_protein(RNA_string): '''将mRNA翻译成蛋白质''' start_code = 'AUG' end_code = ['UAA', 'UAG', 'UGA'] protein_table = {'UUU': 'F', 'CUU': 'L', 'AUU': 'I', 'GUU': 'V', \ 'UUC': 'F', 'CUC': 'L', 'AUC': 'I', 'GUC': 'V', \ 'UUA': 'L', 'CUA': 'L', 'AUA': 'I', 'GUA': 'V', \ 'UUG': 'L', 'CUG': 'L', 'AUG': 'M', 'GUG': 'V', \ 'UCU': 'S', 'CCU': 'P', 'ACU': 'T', 'GCU': 'A', \ 'UCC': 'S', 'CCC': 'P', 'ACC': 'T', 'GCC': 'A', \ 'UCA': 'S', 'CCA': 'P', 'ACA': 'T', 'GCA': 'A', \ 'UCG': 'S', 'CCG': 'P', 'ACG': 'T', 'GCG': 'A', \ 'UAU': 'Y', 'CAU': 'H', 'AAU': 'N', 'GAU': 'D', \ 'UAC': 'Y', 'CAC': 'H', 'AAC': 'N', 'GAC': 'D', \ 'UAA': 'Stop', 'CAA': 'Q', 'AAA': 'K', 'GAA': 'E', \ 'UAG': 'Stop', 'CAG': 'Q', 'AAG': 'K', 'GAG': 'E', \ 'UGU': 'C', 'CGU': 'R', 'AGU': 'S', 'GGU': 'G', \ 'UGC': 'C', 'CGC': 'R', 'AGC': 'S', 'GGC': 'G', \ 'UGA': 'Stop', 'CGA': 'R', 'AGA': 'R', 'GGA': 'G', \ 'UGG': 'W', 'CGG': 'R', 'AGG': 'R', 'GGG': 'G' } #找到起始密码子的位置 start_sit = re.search(start_code, RNA_string) protein = '' #按阅读框匹配蛋白质 for sit in range(start_sit.end(), len(RNA_string), 3): protein = protein + protein_table[RNA_string[sit:sit+3]] print proteinif __name__ == '__main__': RNA_string = open('E:\\bioinfo\data\\rosalind_prot\\rosalind_prot.txt', 'r').read().strip() mRNA_protein(RNA_string)
下面是使用biopython的代码:
#_*_ coding: utf-8 _*from Bio import Seqfrom Bio.Alphabet import generic_dna, generic_rnafrom Bio import SeqIOfrom Bio.Data import CodonTable#载入mRNA序列RNA_string = open('E:\\bioinfo\data\\rosalind_prot\\rosalind_prot.txt', 'r').read().strip()my_seq = Seq.Seq(RNA_string, generic_rna)#载入标准遗传密码表standard_table = CodonTable.unambiguous_rna_by_name['Standard']#将mRNA翻译成蛋白质protein = my_seq.translate(table='Standard')print protein
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