R语言笔记

得到连接时还要制定账号密码：coon <- dbConnect(drv,"jdbc:mysql://localhost/mybase","root","123456")

RMysql包是一个不错的工具。简单示例1：
install.packages("RMySQL")library(RMySQL)conn <- dbConnect(MySQL(), dbname = "test1", username="root", password="123456", host="127.0.0.1", port=3306)#创建数据库表并写入数据dbWriteTable(conn, "mtcars", mtcars[1:10, ],append=T)#往数据库库表中添加数据dbWriteTable(conn, "mtcars", mtcars[11:20, ],append=T)#往数据库库表中覆盖数据，表中元数据将清空dbWriteTable(conn, "mtcars", mtcars[21:30, ],overwrite=T)#查询表中数据dbReadTable(conn, "mtcars")#查询某张表是否存在dbExistsTable(conn,"mtcars")#列出数据库中所有表dbListTables(conn)#使用sql查询语句dbGetQuery(conn,"select mpg from mtcars where mpg>15")#列出某张表中的所有字段名称dbListFields(conn,"mtcars")dbListResults(conn,"select * from mtcars")#删除数据库表dbRemoveTable(conn,"mtcars")#列出连接数据库相关信息dbGetInfo(conn)#关闭连接dbDisconnect(conn)
RMysql存储和查询中文字符时的问题及解决方法
环境：win7
mysql数据库字符集：utf8
RStudio编辑器环境：utf8
Q1：当存储含有中文的frame时，报错
> dbWriteTable(conn,"fruits",fruits,overwrite=T)Error in .local(conn, statement, ...) :   could not run statement: Invalid utf8 character string: '苹'
尝试了很多解决方法，都不好用。以下介绍一种好用的解决方法：把数据库的字符集改为gbk
create database rtest DEFAULT CHARACTER SET gbk COLLATE gbk_chinese_ci;
这样再连接这个数据库时，就可以正常存储含有中文字符的数据了。
Q2：查询数据库数据时，中文显示乱码
> sb<-dbGetQuery(conn,"select * from new_table")> head(sb)  row_names   code         name            industry area1    600000 600000  娴﹀彂閾惰               閾惰   SH2    600004 600004 鐧戒簯鏈哄満         鏈哄満鑸繍   SH3    600006 600006  涓滈姹借溅        姹借溅鏁磋溅   SH
解决方法：
> dbSendQuery(conn,"SET NAMES gbk")<MySQLResult:-1912957498,2,6>> sb<-dbGetQuery(conn,"select * from new_table")> head(sb)  row_names   code     name     industry area1    600000 600000 浦发银行         银行   SH2    600004 600004 白云机场     机场航运   SH3    600006 600006 东风汽车     汽车整车   SH
通过以上方法，就可以很好的处理中文内容了。也可以看出RStudio对utf8的支持并不好。

R与Mysql数据库连接的两种方法
方法一：RODBC包
R中的RODBC包在Linux和Windows系统下都能运行。所以，使用这个包可以把R连接到所有的数据库系统。下面以连接Mysql为例（在Windows系统下）。
使用RODBC连接数据库需要下载相应的数据库ODBC接口。具体安装和配置流程如下：
在http://dev.mysql.com/downloads/connector/odbc
下载mySQL ODBC，安装好。
windows：控制面板->管理工具->数据源（ODBC）->双击->添加->选中mysql ODBC driver一项填写：data source name 一项填入你要使用的名字，自己随便命名例如：mysql_data
description一项随意填写，例如mydata。TCP/IP Server 填写服务器IP，本地数据库一般为：127.0.0.1。 user 填写你的mysql用户名，password 填写你的mysql密码。然后数据库里会出现你的mysql里的所有数据库，选择一个数据库。确定。
下面进行示例操作：
    install.packages("RODBC")    library(RODBC)        #我的mysql用户名是root，密码是123456    channel <- odbcConnect("mysql_data", uid = "root", pwd = "123456")    sqlTables(channel)  #查看你在上面所选数据库中的所有表    data <- sqlFetch(channel, "users")  #将使用的数据库中的表users连接到R，这样就实现了在R中操作数据库中的数据    sqlSave(channel, mtcars) #将R中的数据存储到Mysql    sq <- sqlQuery(channel, "select mpg from mtcars")  #在R中通过sql语句提取数据
关于中文乱码问题：
第一张图片是在mysql中乱码，第二张图片是将R中包含中文的数据写入到mysql时乱码。首先查看当前数据库字符编码集：show variables like '%character%'：
解决办法：在mysql安装目录下有个my.ini文件，将default-character-set=utf8 改为 default-character-set=gbk ，重新启动 MySQL 服务即可。当然，R或Rstudio也要重新启动
方法二：RMySQL包
    install.packages("RMySQL")    library(RMySQL)        channel <- dbConnect(MySQL(),                         user="root", #用户名                         password="123456", #密码                         dbname="test", #数据库名称                         host="localhost") #主机地址    dbListTables(channel) #查看数据库中的所有表    headmt <- head(mtcars)    dbWriteTable(channel, "headmt", headmt) #将R中的数据写入mysql    headmt <- dbReadTable(channel, "headmt") #将数据库中数据读入到R    dbGetQuery(channel, "select * from headmt where cyl = 6")  #查询数据
在数据集包含中文的情况下，跟RODBC包不同的是，即使你已经修改my.ini文件default-character-set=gbk。用RMySQL包中的dbWriteTable函数将R中的数据写入mysql以及用dbReadTable函数将数据库中数据读入到R时均失败。此时只需在R中通过命令dbSendQuery(channel, "SET NAMES gbk")设置GBK字符集即可

1、使用R数据库接口
连接MySQL，使用RMySQL包，使用前RMySQL包要先安装。
library(RMySQL)
连接方式有2种：
（1）使用dbConnect
conn <- dbConnect(MySQL(), dbname = "rmysql", username="rmysql", password="rmysql", host="127.0.0.1", port=3306)
数据操作方法：
dbWriteTable(conn, "tablename", data) #写表
dbReadTable(conn, "tablename")  #读表
dbDisconnect(conn) #关闭连接
（2）使用sqldf包
首先要安装sqldf包，其次调用：
>library(sqldf)
> sqldf("select * from t_data",dbname="test",drv="MySQL",user="root",password="",host="127.0.0.1",port=3306)
连接后，SQL查询语句后面的参数均可省略，例如：
> sqldf("select * from t_data limit 0,10")

2、使用ODBC连接
在Windows下配置ODBC（开放数据库连接），具体步骤如下：
（1）R下载RODBC包，安装好。
（2）在http://dev.mysql.com/downloads/connector/odbc下载mySQL ODBC，安装好。
（3）Windows：控制面板->管理工具->数据源（ODBC）->双击->添加->选中mysqlODBC driver一项
填写：data source name 一项填入你要使用的名字，自己随便命名，例如：mysql_data;
description一项随意填写，例如mydata
TCP/IP Server 填写本机服务器IP，一般为：127.0.0.1
user 填写你的mysql用户名
password 填写你的mysql密码
然后数据库里会出现你的mysql里的所有数据库，选择一个数据库。
确定。
（4）打开R的界面调用数据库：
library(RODBC); 
channel <- odbcConnect("mysql_data", uid="root", pwd="123"); 
sqlTables(channel);#查看数据中的表 
data<-sqlFetch(channel,"kegg")# 查看表的内容，存到数据框里