R语言笔记

按照某列排序：

res[order(res[,8], decreasing=F),] ##按照第八列升序排序

gplots包中的heatmap.2函数对数据要求比较严格，以\t分隔的文件，在用read.table()函数读取时，要明确指定 sep="\t"，否则会报错：

x' must be a numeric matrix

ggplot2中手动设置颜色：

P<-ggplot(PCs, aes(PC1,PC2, color=groups.PCA ,label=rownames(PCs)))

P<-ggplot(PCs, aes(PC1,PC2, color=groups.PCA ,label=rownames(PCs))) + scale_colour_manual(values = c("red","blue", "green", "orchid", "black"))

第一行代码可以按照groups.PCA的不同属性，给散点赋不同的颜色。但是默认的颜色不是很有辨识度。

按照第二行代码，增加函数scale_colour_manual()，就可以手动设置颜色了

对矩阵算相关系数：比如一个表达量矩阵，其列为样本，行为基因，那么可以直接用cor函数，将会返回样本两两之间的相关系数矩阵。

x = rnorm(10);y = rnorm(10);z = rnorm(10);mat = cbind(x, y, z);corr = cor(mat);head(corr);            x         y           zx  1.00000000 0.7883584 -0.04158568y  0.78835841 1.0000000  0.30145106z -0.04158568 0.3014511  1.00000000

透明度设置：

高级的绘图包，如ggplot2，可以在调用geom_XXXX()的时候，设置参数alpha=n （0≤n≤1）来表示透明度，0为完全透明，1为完全不透明。

但是在用如plot，barplot，hist等R自带的绘图函数时，想要设置透明度不是那么容易。

其实可以直接在设置颜色的时候给出透明度。

颜色设置函数rgb(red, green ,blue, alpha, maxColorValue=1)，前三个参数比较好理解，就是rgb数值，alpha就是透明度，与ggplot2中的概念相似。

这里要注意的是，maxColorValue这个值，默认的是1，前4个参数只能是[0, maxColorValue]之间的数字。在设置maxColorValue=255后，前三个RGB参数就能直接应用到常规的数值上，但是注意alpha也应该改成对应的。比如设置一半透明的话，alpha=127而不是0.5。