SNP分析软件

BEAM
安装
将压缩包所有文件解压到一个文件夹中，尤其包括libgsl.dll和libslcblas.dll这两个文件，当然也包括data.txt文件
文件输入格式
由第二行开始，每一行包括每个个体的基因型数据，用markers表示，用制表符间隔开
第一行代表患病状态，需要对应每一行数据
如果需要加入SNP的ID和位置信息，参数设置parapmeter.txt文件中需设置INC_SNP_ID和INC_SNP_POS等于1

参数
markers总数L，
burin = 10~100 L
mcmc = L^2
thin = L
对于那些高度有序的联系关系，比如相邻的后验概率分布（如M0P1H和M0P2），可以将INITIALTRYS设为10～100，迭代次数TRY_LENGTH设为10L
BEAM会根据数据自行调整参数，以下参数全部设置为0就可以了
BURNIN 0
MCMC 0
THIN 0
TRY_LENGTH 0
BEAM会输出p-value小于P_THRESHOLD的markers/interactions

AntEpiSeeker
安装
还是将压缩文件解压到一个文件夹中，其中必须包括”libgsl.dll”,”libslcblas.dll”和”WinGsl.dll”
文件输入格式
需要将case-control的基因型数据用逗号隔开，其余的和GAMETES生成的数据格式一样

参数
two-locus interaction
largehapsize=6, smallhapsize=3, iEpiMode=2
three-locus interaction
largehapsize=6, smallhapsize=4, iEpiModel=3

The parameters “iItCountLarge”, “iItCountSmall” should be chosen according to the number of SNPs genotyped in the data
iItCountSmall=0.1×L 和 iItCountLarge=0.5×iItCountSmall.