杂交测序(SBH)

 

1、对于一个长度为n的字符串s,s的l-元组组成s的谱，是s的n-l+1个-元组的多重集，记为Spectrum(s,l)。

2、根据一个字符串的l-元组组成重构这个字符串。

输入：一个集合S，代表来自一个字符串S的所有l-元组。

输出：字符串s，使得Spectrum(s,l)=S

3、SBH问题归结为欧拉路问题是建立一张图，其边-而不是顶点-对应于Spectrum中的l-元组。

图G依所有（l-1）元组集合构建，一个(l-1)元组的v由一条方向边与一个(l-1)元组的w连接起来，如果谱包括一个l-元组，它的前(l-1)个核苷酸和v一致，后(l-1)个核苷酸与w一致。。谱中的每个l-元对应于G中的一条有向边，从谱中寻找一条包含所有l-元组的DNA片段对应于寻找经过G的每条边的路径，就是欧拉路问题