miRDeep分析microRNA测序数据流程
来源:互联网 发布:数据分析常用公式 编辑:程序博客网 时间:2024/05/17 22:07
microRNA的分析过程:
microRNA测序数据分析选用软件miRDeep,关于这个软件,有文章:
Discovering microRNAs from deep sequencing data using miRDeep,Nature Biotechnology 26, 407 - 415 (2008)
引用次数:251次
链接:http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n4/abs/nbt1394.html
分析流程如下:
第一步 去接头!(如果你的测序数据是等长的,远大于microRNA的长度18~26的话,那肯定没去过接头)
$ mapper.pl
第二步 回贴 将去过接头的reads回贴回参考基因组
第三步 鉴定miRNA 已知的miRNA或是新的miRNA都会被鉴定出来,而且表达量也会报出
第四步 如果你有一个miRNA的集合 先跳过第三步直接做定量的话
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