Ubuntu 12.04 安装 gromacs 4.6.5

本文描述了在 Ubuntu 12.04 系统下安装 Gromacs 4.6.5（CPU 版和 GPU版）的详细步骤。

 

编译机器安装的 NV 显卡驱动为 319.82，CUDA 版本是 5.5（安装在/usr/local/cuda目录下），已经正确安装软件 freeglut 和 g++。

 

安装 gromacs 之前，需要先安装 fftw、openmpi 和 cmake。各软件的安装版本和规划要安装的目录如下：

 

序号

软件

版本号

安装目录

1

fftw

3.3

/opt/fftw

2

openmpi

1.6.5

/opt/openmpi

3

cmake

2.8.9

系统设定 /usr/bin

4

gromacs

4.6.5

/opt/gromacs-4.6.5-cpu（CPU 版）

/opt/gromacs-4.6.5-gpu（GPU 版）

 

    由于安装过程需要对 /usr/bin 目录进行写操作，建议由管理员用户进行安装。

 

使用的软件包：

            fftw-3.3.tar.gz

           openmpi-1.6.5.tar.gz

           cmake-2.8.9.tar

           gromacs-4.6.5.tar.gz

 

说明：

   红色字是输入内容

 

 

1.  在用户的家目录下建立一个工作目录 gromacs，将 4 个软件包拷贝到该目录下；

 

2.  在 /opt 目录下建立 fftw、openmpi、gromacs-4.6.5-cpu 和 gromacs-4.6.5-gpu 目录，用于安装相应文件；

 

3.  安装及配置openmpi

# cd

# cd gromacs

# tar xvf openmpi-1.6.5.tar.gz

# cd openmpi-1.6.5

# ./configure --prefix=/opt/openmpi

        由于 openmpi 要安装在 /opt/openmpi 下，所以 --prefix 指定了目录。

# sudo make

# sudo make install

       这时候在 /opt/openmpi 目录下生成 bin、etc、include、lib 和 share 五个子目录。

 

4.  安装 fftw

# cd ..

# tar xvf fftw-3.3.tar.gz

# cd fftw-3.3

#./configure --prefix=/opt/fftw --enable-float --enable-shared

        由于 fftw 要安装在 /opt/fftw 下，所以 --prefix 指定了目录。

# sudo make

# sudo make install

这时候在 /opt/fftw 目录下生成 bin、include、lib 和 share 四个子目录。

 

5.  设置环境变量

# vi ~/.bashrc

  修改 PATH 内容，增加 cuda 和 openmpi 的 bin 目录；修改LD_LIBRARY_PATH 内容，增加 cuda、openmpi 和 fftw 的 lib 目录。

 

具体到本机，.bashrc 增加如下内容：

 

              export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH

              export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH

 

              export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH

             export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

 

              export LD_LIBRARY_PATH=/opt/fftw/lib:$LD_LIBRARY_PATH

 

保存退出。

 

关掉当前终端窗口，重新开启一个终端窗口。

 

6.  安装 cmake

# cd

# cd gromacs

# tar xvf cmake-2.8.9.tar

# cd cmake-2.8.9

# ./bootstrap

# sudo make

# sudo make install

 

7.  安装 gromacs

# cd ..

# tar xvf gromacs-4.6.5.tar.gz

# cd gromacs-4.6.5

编译 CPU 版本

建一个编译的工作目录 build-cpu，在其下操作，编译成功后，/opt/gromacs-4.6.5-cpu 下生成相关目录。

 

# mkdir build-cpu

# cd build-cpu

# sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-cpu

# sudo make

# sudo make install

 

编译成功后，/opt/gromacs-4.6.5-cpu 目录下生成 bin、include、lib 和 share 四个子目录。

 

编译 GPU 版本

建一个编译的工作目录 build-gpu，在其下操作，编译成功后，/opt/gromacs-4.6.5-gpu 下生成相关目录。

 

# mkdir build-gpu

# cd build-gpu

# sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include–DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-gpu

# sudo make

# sudo make install

 

编译成功后，/opt/gromacs-4.6.5-cpu 目录下生成 bin、include、lib 和 share 四个子目录。

 

说明：

      可以将比较长的命令保存为脚本文件，然后 shell 调用执行。如我们可以建立 cpu.sh 和 gpu.sh，内容为：

 

         cpu.sh的内容：

cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so \

-DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include \

-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-cpu

 

那么，编译 CPU 版本的工作简化为：

 

# mkdir build-cpu

# cd build-cpu

# sudo sh cpu.sh

# sudo make

# sudo make install

 

         gpu.sh的内容：

cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so \

-DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include–DGMX_GPU=ON \

-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-4.6.5-gpu

 

那么，编译 GPU 版本的工作简化为：

 

# mkdir build-gpu

# cd build-gpu

# sudo sh gpu.sh

# sudo make

# sudo make install