Gromacs安装&使用

Gromacs是良好大分子分子动力学模拟软件 ，鉴于当前网络上关于此软件的使用说明及介绍很少，对于象我这样的初学者来说，有很大困难，所以根据我十天以来的安装和使用体会，借着酒劲写下以下的东西，为以后使用这个软件的同学创造一点点的便利。
当前网上能够搜索到的关于Gromacs安装的说明不外乎两篇中文指南，因为Gromacs是在Linux系统下安装使用的，所以这两篇文件中都需要设计 修改一些命令，这对于linux和Gromacs的初学者很不方便，所以在此介绍一种不同的方法（此方法我能证明可以使用）
当前的安装说明大部分是使用tar.gz文件的解压缩然后安装，现在使用的方法是使用rpm文件 此文件不需要解压缩，直接可以安装
保存，睡觉，明天接着写

继续

当前网上的安装我还是应该交代一下，一下是网上的安装过程：
操作平台：Redhat 9.0。以root帐号操作 

1、安装fftw-2.1.3.tar.gz 

./configure --enable-float 

make 

make install 

2、安装gromacs-3.2.1.tar.gz 

./configure 

make 

make install 

默认的是把程序安装到了/usr/local/gromacs/目录下。 

3、编辑主目录下的.bash_profile文件，在其中加入下面的一行： 

export PATH=/usr/local/gromacs/i686-pc-linux-gnu/bin:$PATH 

保存退出后，运行 source .bash_profile让PATH路径生效。

 4、参考online的tutorial运行/usr/local/gromacs/share/tutor目录下的教程


其中以root帐号登陆安装，这很重要，否则没有权限哈。
当前我用的安装过程如下
1.Linux下root登陆
2.下载fftw3-3.0.1-4.i386.rpm和gromacs-3.3-1.i386.rpm两个软件
3.安装此软件 命令是 ＃ rpm -ive fftw3-3.0.1-4.i386.rpm
                    ＃ rpm -ive gromacs-3.3-1.i386.rpm
4.这样两个软件就已经安装成功 另外，在官方网站（www.gromacs.org）的安装说明中也提到了讲tutor文件夹复制到用户新的文件夹。 （在摸索这一步过程中吃了很多苦头，我不知道上面提到的安装中是不是编辑文件就可以达到这一步，我是linux和gromacs双重菜鸟，当然不会编辑 bash文件了）我的方法是下载gromacs-3.3.1.tar.gz之后解压缩，然后在/share下找到tutor文件夹，将其copy出来到新 的文件夹。这个文件夹中有几个gromacs自带的算例，对程序的上手很有帮助
5.运行＃ luck
然后可以看到诸如 "Jesus Can't Save You, Though It's Nice to Think He Tried"  (Black Crowes)或者"Beat On the Brat With a Baseball Bat" (The Ramones)之类的语 句，证明你的安装成功了！
6.按照网上提到的安装说明，gromacs是被安装在了/usr/local/gromcas下。而在我提到的安装后，gromacs被安装在了/usr/bin之下

安装成功，其实，关于gromacs的安装和使用，还是应该多看官方网站的tutor，毕竟这是一个free software，所以他的tutor是相当详尽的。因为这是一个free software 所以，需要大家一起努力为了gromacs更广泛的应用努力。

以下，我大体谈一下gromacs的文件类型
常用的gromacs文件有以下类型：
1.molecular topology files
初学分子模拟的我暂时称之为分子拓扑文件（不知道别人都是怎么翻译的），top file是pdb2gmx自动讲PDB格式文件转化生成的

2.molecular structure files
这种结构文件包括pdb gro两种，pdb2gmx将pdb文件转化为top文件的同时也将pdb转化为了gro。gro和pdb都是结构文件，它们的 不同在于格式，gro file还保存了velocities当然，如果你用不到v时，也可直接使用pdb格式的结构文件
另外，genbox程序用于生成研究对象周围箱中的溶剂分子，首先需要定义合适的盒子的尺寸大小。genbox的output file是gro。genbox同时还讲原有的top文件修改为假如溶剂分子后的top文件

3.molecular dynamics parameter files (mdp)
mdp files其实是一个参数文件，包括了要做分子动力学模拟所需的例如time-step  number of steps  tempratures pressure等等的参速

4.index files(ndx)

5.run input file (tpr)
将上面提到的四种文件组合生成tpr文件，也就是
top + gro + mdp + ndx = tpr
tpr file包括了要run分子动力学模拟所需要的所有信息
grompp程序处理所有的input文件生成tpr

6 trajactory files (trr)
这姑且成为轨道文件，读取trr文件对我来说走了很多弯路，曾经试图尝试使用guassview和vmd1.8.4等读图工具读取。后来跑到smth得知 读取trr在gromacs中有一种自带程序 ngmx。这种软件读取trr文件需要x windows，当时我用win系统ssh连接linux，当然 无法读取了，汗～

另外，在官方网站上有gromacs的flow chart－－http://www.gromacs.org/external/online-reference-manual.html  做的相当不错，能够帮助深刻理解文件和程序的相互作用


恩，十天的摸索，现在能够有所收获的只有这些，看着tutor自带的water nmr1可以run了，心中相当滋润，虽然methand还不能run   force filed的选择还不会，file的编辑还不懂，但是总算给十天一个很好的交待了

感谢twy同学对于Lunux的大力帮助，感谢theall师兄对于gromacs的大力帮助，感谢smth的几个学长对我提出问题的积极解答。