ubuntu下Gromacs的安装

虽然网上有很多关于Linux安装的文档。但是为了以后安装的方便，还是决定把自己在ubuntu11.10下面安装Gromacs的步骤记录如下：

1. 下载并安装fftw:
（1）下载网址：www.fftw.org
（2）解压：tar xzvf fftw-xxx.tar.gz
（3）安装
     a.安装单精度fftw
        cd ~/fftw.xxx  (转到解压出来的fftw所在目录）       
       ./configure --enable-threads --enable-float
       make -j 2    （-j后面的2表示用2核执行make，当然如果你是4核机子，你也可以-j 4)
       sudo make install
     b. 安装双精度fftw
        make distclean
        ./configure --enable-threads
       make -j 2    （-j后面的2表示用2核执行make，当然如果你是4核机子，你也可以-j 4)
       sudo make install
2.安装Gromacs
   (1) 下载网址：www.gromacs.org
   (2) 解压：tar xzvf gromacs-xxx.tar.gz
   (3) 安装单机版gromacs
        cd ~/gromacs.xxx
        ./configure
        make -j 2
        sudo make install
       
  (4) 设置环境变量
        将 “source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC”添加到.bashrc文件的末尾位置。
         source .bashrc
至此，单机版的Gromacs安装完成，键入“g_luck"命令检验是否安装成功。

下面将安装并行版的Gromacs.
(1)准备工作：
a.安装gcc: sudo apt-get install gcc (这一步可以省略，一般ubuntu是包含gcc的，如果你的机子没有，请按此安装）
b.安装g++: sudo apt-get install g++
c. 安装gfortran: sudo apt-get install fort77。
(以上三个软件是为了安装下面的lam-mpi)
d. 安装lam-mpi:
下载：wget http://www.lam-mpi.org/download/files/lam-7.1.4.tar.bz2

解压：tar xvjf lam-7.1.4.tar.bz2

安装： cd lam-7.1.4

          ./configure

         make

        make install

至此，安装并行版Gromacs的准备工作已完成。返回gromacs的解压目录： cd ../gromacs-xxx

(2) 安装并行版Gromacs

     make clean

     ./configure --enable-mpi --program-suffix=_mpi

   make mdrun  （因为只有mdrun需要并行，所以，之需要make mdrun)

   sudo make install-mdrun.

至此，默认路径下安装单机和并行Gromacs的工作已完成。如果不知在默认路径下安装，则需要另外设置环境变量，具体请参考：http://www.gromacs.org/Downloads/Installation_Instructions 和 http://md.chem.rug.nl/~mdcourse/nerd.html。

要想运行并行mdrun,需按如下命令执行：

$usr/local/lam714/lamboot

$usr/local/lam714/bin/mpirun -np 4 mdrun_mpi -s topol.tpr -c -g -e -x -o -cpi -append -cpo

$usr/local/lam714/lamhalt