gromacs编译安装
来源:互联网 发布:scras简单的编程小游戏 编辑:程序博客网 时间:2024/06/09 18:28
gromacs是一款优秀的分子动力学模拟软件,版本已更新至4.6.3 。版本的更新无疑会带来效率的提升,然而,新版本对系统和编译器都有着更高的要求。对于一台运行已久的老服务器,没有权限的情况下基本不可能更新系统和编译器,这时候就需要另外安装较新版本的编译器来编译安装gromacs,Intel就是一个很好的选择。下面我就自己多次的编译安装经验,叙述一下gromacs的安装过程和注意事项。
系统现状:
系统版本:Red Hat Enterprise Linux WS release 4
内核版本:Linux-2.6.9-42-X86_64
编译器:gcc-3.4.6 和 gcc-4.1.0
步骤
1. 安装新的编译器: l_ccompxe_2013.3.163 (可到Intel官网申请免费版)
安装很简单,按要求选即可,licence在申请后回复的邮件里。记得安装完后导入相关环境变量:source /安装目录/bin/compilervars.sh intel64
2. 安装并行软件包:openmpi-1.6.4 (我试了1.6.5的,在我的服务器上不好用,出现这种情况建议大家换几个版本试试)
安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器:export CC=icc,export CXX=icpc,然后coufigure,make, make install。
3. 编译安装gromacs-4.6.3
安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器:export CC=icc,export CXX=icpc。由于Intel的数学库函数不全,gromacs编译过程中会用到gcc数学库中的函数,用LDFLAGS环境变量来指定:export LDFLAGS=“-limf -lm”,编译过程中Intel编译器会报warning #10315: specifying -lm before files may supercede the Intel(R) math library and affect performance,不过是说用了其他库会降低效率,可以忽略。编译安装用下面三个命令:
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/安装路径/gromacs-4.6.3
make
make install
注意:使用-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON选项时,编译过程中会联网下载fftw,所以要保证电脑能连接到网络,如果使用的服务器无法连接外网,需要自己先安装fftw,然后再安装gromacs。
以上是对多次安装经历的简单总结,可能你在安装中会遇到各种不同的问题,欢迎一起交流解决。
系统现状:
系统版本:Red Hat Enterprise Linux WS release 4
内核版本:Linux-2.6.9-42-X86_64
编译器:gcc-3.4.6 和 gcc-4.1.0
步骤
1. 安装新的编译器: l_ccompxe_2013.3.163 (可到Intel官网申请免费版)
安装很简单,按要求选即可,licence在申请后回复的邮件里。记得安装完后导入相关环境变量:source /安装目录/bin/compilervars.sh intel64
2. 安装并行软件包:openmpi-1.6.4 (我试了1.6.5的,在我的服务器上不好用,出现这种情况建议大家换几个版本试试)
安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器:export CC=icc,export CXX=icpc,然后coufigure,make, make install。
3. 编译安装gromacs-4.6.3
安装前务必导入环境变量CC和CXX来指定Intel编译器:export CC=icc,export CXX=icpc。由于Intel的数学库函数不全,gromacs编译过程中会用到gcc数学库中的函数,用LDFLAGS环境变量来指定:export LDFLAGS=“-limf -lm”,编译过程中Intel编译器会报warning #10315: specifying -lm before files may supercede the Intel(R) math library and affect performance,不过是说用了其他库会降低效率,可以忽略。编译安装用下面三个命令:
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DGMX_MPI=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/安装路径/gromacs-4.6.3
make
make install
注意:使用-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON选项时,编译过程中会联网下载fftw,所以要保证电脑能连接到网络,如果使用的服务器无法连接外网,需要自己先安装fftw,然后再安装gromacs。
以上是对多次安装经历的简单总结,可能你在安装中会遇到各种不同的问题,欢迎一起交流解决。
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